โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เป็นอาคาร 3 ชั้น ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ.2552 สถานที่ตั้งอยู่ภายในมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้เป็นสถานที่จัดการเรียนการสอนและการวิจัยสำหรับนักศึกษาสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพ และสาขาวิชาอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพยาบาลรักษาดูแลผู้ป่วย โดยมุ่งหมายให้เป็นโรงพยาบาลที่เพียบพร้อมด้วยเครื่องมือทันสมัย สามารถให้บริการแก่ประชาชนทั้งผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยในด้วยการรักษาในระบบผสมผสานทั้งการแพทย์แผนปัจจุบัน การแพทย์แผนไทยประยุกต์ และการแพทย์ทางเลือกอื่นๆ

ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2562 มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้มีการเปิดโรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เพื่อขยายบริการทางการแพทย์สำหรับการรองรับการให้บริการแก่ประชาชนในภาคเหนือและอนุภาคลุ่มแม่น้ำโขงให้มากขึ้น ซึ่งยังคงมีการให้บริการกับผู้มารับบริการภายในโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง แต่มีการพัฒนาปรับเปลี่ยนรูปแบบการให้บริการจากเดิม โดยการพัฒนาขึ้นเป็นโรงพยาบาลที่ให้บริการตรวจวินิจฉัย รักษา ฟื้นฟู และส่งเสริมสุขภาพด้วยมาตรฐานตามศาสตร์การแพทย์แผนไทยประยุกต์ การแพทย์แผนจีน กายภาพบำบัด และอื่นๆ ภายใต้ความร่วมมือกับสำนักวิชาการแพทย์บูรณาการ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง

ปัจจุบัน โรงพยาบาลฯ มีการให้บริการแบ่งเป็นแผนกตามศาสตร์การรักษา เพื่อให้สอดคล้องต่อความต้องการของผู้มารับบริการ คือ แผนกแพทย์แผนไทย แผนกแพทย์แผนจีน แผนกกายภาพบำบัด แผนกห้องยาสมุนไพร แผนกคัดกรองและปฐมพยาบาล และคลินิกแพทย์บูรณาการ โรงพยาบาลศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง 

นอกจากภารกิจหลักในการให้บริการสุขภาพแก่ประชาชน โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ยังเป็นแหล่งฝึกปฏิบัติงานของนักศึกษาจากทั้งภายในและภายนอกสถาบันมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เป็นสถานที่ส่งเสริมการศึกษาค้นคว้าวิจัยด้านการรักษาด้วยศาสตร์การแพทย์บูรณาการ ตลอดจนการให้บริการวิชาการกับประชาชนในพื้นที่จังหวัดเชียงราย